La máxima autoridad del CAC es el Consejo de Ministros, el cual está integrado por los Ministros de Agricultura de Belice, Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Honduras, Nicaragua, Panamá y República Dominicana. El Consejo de Ministros se reúne en forma ordinaria dos veces al año y en forma extraordinaria cuando sea necesario.
La Presidencia del Consejo rota cada seis meses y es ejercida por el Ministro de Agricultura del país que ostenta la Presidencia Pro-Témpore del Sistema de la Integración Centroamericana - SICA, alternándose según el orden geográfico de los países miembros.
Este Consejo de Ministros, con base en las potestades establecidas en el Protocolo de Tegucigalpa a la Carta de la Organización de Estados Centroamericanos (ODECA), articula sus acciones con otros foros ministeriales regionales en el marco del SICA, con los cuales comparte una agenda de interés común en aspectos tales como el comercio de productos agropecuarios, la gestión agroambiental y la sanidad agropecuaria e inocuidad de los alimentos.
